《“地根政治”：揭示農地制度新變革的真問題》，《北京日報》2013年8月19日。
吳帆、吳毅：《整風與人民公社化運動——以湖北大冶縣礦山公社為例》，《開放時代》（B類期刊）2013年2期。
吳毅、陳颀：《說話”的可能性——對土改“訴苦”的再反思》，《社會學研究》（A類權威）2012年6期。
吳帆、吳毅、楊蓓：《意識形态與發展進路：農業合作化運動再反思》，《天津社會科學》（B類期刊）2012年1期。
楊蓓，吳毅：《人民公社：現代烏托邦的追求與受挫》，《6774澳门永利學報》（社會科學版）2011年5期。
吳毅、吳帆：《結構化選擇：中國農業合作化運動的再思考》、《開放時代》（B類期刊）2011年4期。
吳毅、吳帆：《傳統的翻轉與再翻轉——新區土改中農民土地心态的建構與曆史邏輯》，《開放時代》（B類期刊）2010年3期。
吳帆、吳毅：《曆史社會學的發展與特征》，《6774澳门永利學報》（社會科學版）2009年4期。
《理想抑或常态：農地配置探索的世紀之擺——理解20世紀中國農地制度變遷史的一個視角》，《社會學研究》（A類權威）2009年第3期。
吳毅等：Twenty Years of Rural Political Studies: The Rise and Fall of a Public Academic Movement，Chinese Sociology and Anthropology Fall 2008 Vol. 41 No. 01.（SSCI）。
吳毅等：The Path and Subject of Rural Governance Studies: A Response to Ying Xing's Critique，Chinese Sociology and Anthropology Fall 2008 Vol. 41 No. 01.（SSCI）。
《權威民主化：民主政治建設的重要經驗》，《中國改革報》2008年11月17日。
《治道的變革——也談中國鄉村社會的政權建設》，《探索與争鳴》2008年第9期。
《從革命走向革命》，《中國圖書評論》，2008年第5期。
《“權力–利益的結構之網”與農民群體性利益的表達困境——對一起石場糾紛案例的分析》，《社會學研究》（A類權威）2007年第5期。
《迎檢的遊戲——鄉鎮調查手記》，《讀書》2007年第6期。
《何以個案 為何叙述——對經典農村研究方法質疑的質問》，《探索與争鳴》2007年第4期。
吳毅、李德瑞：《二十年農村政治研究的演進與轉向——兼論一段公共學術運動的興起與終結》，《開放時代》（B類期刊）2007年第2期。被《中國社會科學文摘》2007年第3期轉載。
《局促的改革空間——一個學者眼中的鄉鎮機構改革》，《南風窗》2005年5月（上半月刊），該文為《南風窗》對吳毅的專訪。
吳毅等：《村治研究的路徑與主體——兼答應星先生的批評》，《開放時代》（B類權威）2005年4期。
《最後的征收》，《讀書》2005年5期。
《農村政治研究：緣自何方，前路何在》，《開放時代》（B類權威）2005年2期。
《“誘民緻富”與“政府緻負”》，《讀書》2005年1期。
《對農地征用中政府與農民争利現象的兩點思考》，《上海行政幹部管理學院學報》，2004年第4期。
《催收與拖欠》，《天涯》2004年5期。
《鄉村的權力承包》，《天涯》2004年5期。
《法的正義抑或情的入理》，《天涯》2004年5期。
《不同語境下的鄉村關系》，《探索與争鳴》，2004年9期。
《農地征用中基層政府的角色》，《讀書》2004年7期。
《農民“種房”與弱者的反“制”》，《書城》，2004年5期。
《稅費改革中鄉村利益張力下的村級财務困境》，《華中師範大學學報》2004年4期。
楊震林、吳毅：《轉型期中國農村公共品供給體制創新》，《中州學刊》2004年1期。
吳毅、楊震林：《道中“道”：一個村莊公共品供給案例的啟示》，《江西社會科學》2004年1期。
《宗族權威的變異與經紀模式的消解》，《文史哲》2003年4期。
《從革命到後革命：一個村莊政治運動的曆史軌迹》，《學習與探索》2003年2期。
《記述村莊的政治》，《讀書》2003年3期。
《雙重邊緣化：村幹部角色與行為的類型學分析》，《管理世界》（A類權威）2002年11期。
《村治變遷中的權威與秩序——20世紀川東雙村的表達》，2002年華中師範大學博士學位論文，2003年湖北省優秀博士學位論文，2004年全國優秀博士學位論文。
《缺失治理資源的鄉村權威與稅費征收中的幹群博弈》，《中國農村觀察》2002年4期。
《公共空間》，《浙江學刊》，2002年2期。
吳毅、楊震林、王亞柯：《村民自治中“村委會自治”現象的制度經濟學分析》，《學海》2002年1期。
徐勇、吳毅、賀雪峰等：《村治研究的共識與策略》，《浙江學刊》2002年1期。
《無政治村莊》，《浙江學刊》2002年1期。
《“雙重角色”、“經紀模式”與“守夜人”和“撞鐘者”》，《開放時代》（B類權威）2001年12期。
賀雪峰、吳毅、仝志輝：《村莊選舉研究：眺望轉型期鄉村社會性質的窗口》，《江海學刊》2001年1期。
吳毅、賀雪峰：《村治研究論綱——對村治作為一種研究範式的嘗試性揭示》，《華中師範大學學報》2000年3期。
《新規則是如何演繹的》，《中國社會科學季刊》（香港）1999年冬季卷（國際性的當代中國社會科學研究與評論中文期刊）。
吳淼、吳毅：《村民自治：理論資源和運作績教》，《社會主義研究》1999年4期。
《制度與國家：來自新制度經濟學的政治透視》，《天津社會科學》（B類權威）1999年3期。
《制度引入與精英主導：民主選舉規則在村落場域的演繹》，《華中師範大學學報》1999年2期。
《村民自治的成長：國家進入與社區内生》，《政治學研究》（A類權威）1998年3期。
《村治中的政治人——對一個村莊村民公共參與和公共意識的分析》，《戰略與管理》1998年1期。
《人民公社時期農村政治穩定形态及其效應》，《天津社會科學》（B類權威）1997年5期，《新華文摘》1997年12期全文轉載。
《農村衰敗與晚清現代化的受挫》，《天津社會科學》（B類權威）1996年3期。被《新華文摘》1996年5期部分轉載。
《跨世紀的課題：中國農村改革、發展與穩定》，《社會主義研究》1996年1期。
《跨世紀的課題：中國農村的協調發展》，《社會科學報》1995年12月14日。
《社會政治取向與政治穩定關系的結構分析》，《政治與法律》1995年4期。
徐勇、吳毅：《地區發展非均衡性的政治影響分析》，《學習與探索》1994年3期。
《社會主義初級階段經濟政治環境對政治參與的影響與制約》，《重慶社會科學》1993年3期。
《試論我國政治參與的現狀與制約因素》，《社會主義研究》1992年4期。
《科學社會主義理論與實踐課教學探索》，《學位與研究生教育》1991年5期。
《發展我國城市的正确方針》，《城市開發》1991年5期。
《論城市發展的曆史機會》，《城市科學》1991年3期。
《從日本的國策看其對華北的滲透》，《重慶史學》1989年2期。
出版專著：
《小鎮喧嚣——一個鄉鎮政治運作的演繹與闡釋》，生活·讀書·新知三聯書店、生活書店出版有限公司2018年版.
吳毅、吳克偉等：《轉型中的治理——當代中國鄉村社會變遷實證研究》，湖北人民出版社2009年版。
彭大鵬、吳毅：《單向度的農村——對轉型期鄉村社會性質的一項探索》，湖北人民出版社2008年版。
《小鎮喧嚣——一個鄉鎮政治運作的演繹與闡釋》，生活·讀書·新知三聯書店2007年版。
《記述村莊的政治》，湖北人民出版社2007年版。
《轉型社會的鄉村政治》，中國農業出版社2006年版。
吳毅、吳淼：《村民自治在鄉土社會的遭遇——以白村為個案》，華中師範大學出版社2003年版。
徐勇、吳毅主編：《鄉土中國的民主選舉》，華中師範大學出版社2001年版。
參著：《中國農村村級治理》，華中師範大學出版社1999年版。
《村治變遷中的權威與秩序——20世紀川東雙村的表達》，中國社會科學出版社2002年版，2006年第2次印刷。
張厚安、徐勇、項繼權、吳毅、張勁松等：《中國農村政治穩定與發展》，武漢出版社1995年版。
參編《中華人民共和國知識辭典》，西南師範大學出版社1999年版。
“推進省級治理體系和治理能力現代化研究”，2014年度湖北省委托課題子項目。
“社會變遷與當代中國農地制度改革研究”，2014年6774澳门永利自主創新基金專項任務項目。
“社會變遷視角下當代中國農地制度發展與改革研究”，2011年度國家社會科學基金重點項目。
“當代中國農地制度的演變與發展研究”，2011年度6774澳门永利自主創新研究基金（人文社科）項目。
“20世紀以來中國農地制度變遷與發展的曆史社會學分析”，2009年度6774澳门永利自主創新研究基金資助項目。
“社會變遷視角下當代農村土地制度研究”，2009年度教育部人文社會科學研究一般項目。
“湖北稅費改革後農村基層政府角色研究”，2008年度湖北省社會科學基金項目。
“政治人類學與農村研究”課程實踐研究，6774澳门永利研究生教改項目。
“轉型期農村弱勢群體生存狀态的區域比較與治理對策研究”，福特基金項目子項目。
“轉型期農村社會的發展、特性與治理研究”，2004年全國優秀博士論文作者專項資助基金項目。
“轉型期農村社會的變化、特性及走向研究”，2002-2003年度教育部人文社會科學重點研究基地重大項目。
“鄉村治理研究”，2000年度國際合作項目。
“農村稅費改革及縣、鄉、村管理體制改革研究”，2001年度教育部人文社會科學重點研究基地重大項目子項目。
“現階段我國農村村委會選舉的基本情況、問題及對策研究”，2000年度教育部人文社會科學重點研究基地重大項目子項目。
“現階段我國鄉鎮政治體制改革研究”，2002度年國家哲學社會科學基金項目。
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